Pre svoju tajomnú povahu, nepochybnú spojitosť s tajným leteckým výskumom a sériu neobvyklých úkazov sa Area 51 stala jednou z významných lokalít dohadov o UFO a rôznych konšpiračných teórií. K neobvyklým aktivitám pripisovaným základni v Area 51 patrí: Skladovanie, testovanie a spätné inžinierstvo mimozemských plavidiel (vrátane materiálov údajne zachránených v Roswelli), štúdium bytostí pochádzajúcich z týchto lodí (živých aj mŕtvych) a výroba leteckých strojov založených na báze mimozemských technológií Stretnutia či komunikácia s mimozemšťanmi Vývoj zbraní na báze neobvyklých energií (na použitie v Systéme strategickej obrany SDI alebo na kontrolu zbrojenia) Vývoj technológií určených na cestovanie v čase Činnosti spojené s údajnou tajnou celosvetovou vládou
